Проточные (раздельные) дренажные помпы относятся к универсальным устройствам. Они подходят для настенного и потолочного размещения, а также для стандартных бытовых систем кондиционирования. Главная собенность таких насосов — отдельный насос и небольшой резервуар, соединённые между собой гибким шлангом. Преимущества этих насосов включают возможность откачивать конденсат с расстояния 2 метра от внутреннего блока и поднимать воду на высоту до 14 метров. Проточные помпы обладают средней производительностью от 6 до 70 литров в час, и их часто устанавливают непосредственно в дренажной системе.